返回Pirate Homeworld星的Command Center区域：

　　1.进门乘升降梯到第二层，前行至Command Station，在冷冻模式下使用光电索将挡门的生物体破坏，然后前行乘列车到达Board the Leviathan Battleship.

　　2.变为球形炸开平台墙角的管道后滚入，使用光电索将机关打开，然后站在平台中央发光处传送到Pirate Homeworld右下的区域，成功按动开关后返回。

　　飞抵本星地图右上方新出现的Phaaze：

　　1.走下飞船，萨姆斯进入暴走状态，按A键自救，但从此屏幕正上方的黄色能量槽全部充满就直接GAME OVER，所以一路上要不断补充道具降低黄色能量槽。

　　2.前行进门，使用光电索破坏障碍，从高处落下后前行进门，变为球形通过触手带，跳上高台，使用导弹破坏刺形障碍，继续前行。进门变为球形滚入左侧的通道，使用球形电击将下降通道附近的红球全部破坏，前行进门一路向下跳，使用导弹破坏途中的刺形障碍。前行进门变为球形滚入，使用球形电击将地面上的红球全部破坏，然后滚到最下层，一直落到一生物体嘴中，直接使用球形电击将其消灭。

　　3.前行进门落下，使用球形电击将生物障碍破坏，然后进入将敌人全灭方可前行。从高处落下，途中直接射击消灭一生物体，然后进门射击地上的红色地板，继续从从高处落下。前行扫描中央生物体，然后使用光电索拉开其顶部左右两侧的外壳，射击其中四处游动的小生物体。将中央的生物体破坏后落下，黑暗萨姆斯出现，这也是游戏的最终BOSS.

　　4.第一形态对准BOSS直接射击即可，不久它会分化为2个和3个形象，随便打哪个都可以，当其飞到天空准备发射球形攻击时用蓄力射击阻止；第二形态要先对合体后的BOSS进行扫描，然后射击其伸出来的紫色触手的末端，当触手缩回去后射击黄光处，如此将其打晕在地，再使用光电索抓下头部的外壳，然后攻击里面的紫色要害；第三阶段BOSS没有了防护，不过其紫色要害在背部，建议玩家远距离与其周旋，等其发动旋转攻击和滑动攻击时再瞄准紫色要害使用蓄力射击，当BOSS在天空被打晕时不要上前，继续射击等其在地上被打晕时马上瞄准背部的紫色要害猛烈开火，此刻是消灭它的最好时机。值得提醒的是，最后这一阶段的补给十分有限，玩家一定要注意随时躲避BOSS的进攻以免暴走而亡。

　　至此游戏结束，完成度达到100%可观看特殊结局。

　　存档后开始二周目可选择最为困难的Hypermode难度进行游戏。